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与Protein Data Bank和维的合作

2021年10月18日
作者的客人

庆祝蛋白质数据库成立50周年, 十大网赌网址创建了一个交互式网络浏览器, 由维, 为了更好地理解研究合作和可视化出版物之间的关系.

1971年推出, 蛋白质数据库被认为是生物和医学领域第一个开放获取的数字数据资源. 单个存储库, 它为生命分子提供了三维结构, 蛋白质, RNA和DNA. 2021年初, 它有超过170个,000年建筑, 150年左右,其中000个在同行评议的期刊上有相应的主要引用. 

国家医学图书馆指定 MeSH(医学主题标题) 从一个包含16个主要分支的受控词汇表到PubMed的索引文章. MeSH术语通常以分层树结构的形式出现,其主要分支以解剖学术语命名, 生物和疾病对保健的影响, 出版物和地理. 

十大网赌网址创建了每个分支的出版物的共现网络, 链接共享公共MeSH术语的出版物, 不过十大网赌网址只保留了最强的链接,因为MeSH术语非常广泛, 和可以是多余的. 聚类基于发布而不是结构, 这使得网络更容易被访问,更容易被可视化和可用作为定性指标,而不是数据库中序列数量的函数. 

A 网络可视化 是为了将出版物的相对关系形象化. 十大网赌网址使用了OpenOrd布局,这是一种力导向布局,旨在更好地区分集群. 然后创建组,根据MeSH术语的出现和频率聚类. 

网络亮点

这些网络是由主要MeSH术语分支编译的. 对于一个示例视图,十大网赌网址选择G上的网络, “现象和过程”, 哪个是由两个大小相等的, 密集的群体, 哪些标签是82和249, 分别. 这两组聚在MeSH术语“氢键”/热力学/催化周围, 另一个是"弱蛋白质相互作用". 十大网赌网址马上就能看到这两个群的不同形状:82个表现为“密集的群集”,249个表现为“广泛分散的”群集.

这些团体的详细资料, 包括最常见的MeSH术语在组级别显示在左边的菜单中,并显示了大小和颜色代码. 

网格术语组中的网格术语集群的可视化

重点关注“密集”的82组, 十大网赌网址可以在其中指出不同的出版物子集群:绿色, see screenshot; best described as Hydrogen bond, 热力学和催化. 这些子集群的出现是由于基础出版物根据进一步MeSH术语的共同出现分组在一起. 

使用视觉显示, 通过组视图可以很容易地进一步检查,通过点击和MeSH术语分析可以进一步细化. 在十大网赌网址的例子中, 鼠标移动到每一个出版物的MESH术语高亮显示,快速浏览就可以确定一个子组显示与“病毒”相关的MESH术语。, 而另一个词则与“人类”有关

网格术语组中的网格术语集群的可视化

松散聚类到MeSH术语组中

其次是基于视觉检查的第一个观察结果,基于出版物“氢键”组内的例子,具有明显的内组聚类,  弱蛋白相互作用组(249)显示松散的广泛聚类,表明在这些MeSH标题下发表的更广泛的晶体学研究领域. 因此, 类似MeSH术语的共出现不太明显,且该组内的结构广泛存在.

相邻的网格上

十大网赌网址现在可以在“现象和过程”网络中交叉检查MeSH术语组,以搜索MeSH术语的组合:使用下拉菜单可以突出显示和检查单个MeSH术语, 例如,与前面作为例子的两个大群体有关. 当选择MeSH术语“酶激活”下的“现象和过程”, 这个术语只涵盖少数有标签的出版物. 令人感兴趣的是,通过左侧的浏览器可以查看更多细节,比如发布链接,其中一种最适合被描述为“弱蛋白质相互作用”的蛋白质, ID和结构, 进一步的网格上.

Summary

这些网络显示允许对MeSH术语进行额外的和可选的分析,以及通过对主要出版物的共现分析,它们彼此之间的接近性. 除了 分层网格浏览器, 这有助于对15个不同网络组中不同MeSH术语的邻近区域进行快速可视化分析.

这两个, 基于从组(密集或广泛)到单个MesH术语级别的“自顶向下”方法探索MesH术语, 或者“自底向上”,从一个不太常见的MeSH术语开始,然后探索它周围的集群, 在分析蛋白质结构文献的主要出版物时,产生了一个新的观点,并允许对MeSH术语的关系有新的见解.

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